Кендзи Фуджикидо - служащий, жена и ребенок которого погибли в войне за территорию ниндзя. На пороге собственной смерти Фуджикидо одержим загадочной душой ниндзя, известной как Ниндзя Нараку. Фуджикидо обманывает смерть и становится «Убийцей ниндзя» — Мрачным жнецом, которому суждено убить злого ниндзя, посвятившего себя личной войне мести. Действие игры происходит в антиутопическом подземном мире Нео-Сайтамы. Убийца ниндзя сражается с ниндзя Синдиката Сокай в смертельной схватке.
