Сюжет разворачивается в конце фильма 1998 года - Годзилла, Сын Божий, носящий его имя. Доктор Ник Татополос предупреждает военных, что некоторые яйца Годзиллы могли уцелеть. Уцелело яйцо и из него вылупляется птенец. Маленькая Годзилла быстро растет и достигает больших размеров.