В аниме рассказывается история Макото, маленького мальчика, который приобрел сверхспособности в результате эксперимента по манипулированию злыми генами. Макото и другие молодые люди присоединяются к Мстителям в качестве студентов, которых называют «Мстители будущего». В аниме Макото и другие покажут, как они тренируются, сражаются со злодеями и растут под руководством Мстителей - Железного человека, Капитана Америки, Халка, Тора и Осы.
